Li-lab
干细胞分化发育与疾病的表观遗传调控研究组
重庆南路, 上海, 中国, 200025
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研究方向
本实验室的主要研究兴趣为细胞命运的决定机制。我们以上皮系统特别是皮肤器官为主要研究对象，运用多种表观基因组分析技术，并结合体外干细胞分化与体内发育模型来深入理解：上皮组织谱系特化、稳态平衡以及相关疾病发生的调控机制；在此基础上进一步发展干细胞及基因组新技术用于皮肤再生医学及复杂疾病的诊治。目前的研究主要集中在以下几个方面：
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上皮组织发育中的表观遗传调控规律
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早期外胚层细胞分化、发育的调控机制
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成体皮肤组织稳态平衡及相关疾病的调控
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开展基于干细胞的皮肤再生医学技术及应用研究
人员介绍
课题组长：
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| 李令杰 研究员 |
| Email: lingjie@shsmu.edu.cn |
| 中科院上海生命科学研究院发育生物学博士 美国斯坦福大学博士后及Research Associate 主要研究成果发表在Cell Stem Cell，Cell Rep，PNAS等国际知名期刊 |
教职工：
| 蔡晓东 科研助理 (2023) | … |
| 中山大学基础医学硕士 | … |
博士后：
| 张梦琦 博士 (2023) |
| 中科院北京基因组所 |
研究生：
| 杨晨 博士生 (2019) | 王志明 硕士生 (2020) | 焦慧媛 博士生 (2020) |
| 马子越 博士生 (2023) | 贺潇宇 硕士生 (2023) | 张秋慧 博士生 (2024) |
轮转生
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联合培养/交流访学：
| 王一好 上海第九人民医院 (2021) | 李林颖 上海市儿童医院 (2021) | 王烨欣 上海市第九人民医院 (2022) |
| 吴恒 上海市皮肤病医院 (2024) |
ALUMNI：
| 常玲玲 实验师 (2020-2022) | 李平平 轮转生 (2021-2022) | 童冉 技术员 (2021-2023) |
| 刘涵 联合/交流 (2023-2024) | 张丰 副研究员 (2020-2025) |
代表成果：
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Linjing Lan, Xin Zhang, Shanxiu Yang, Lingjie Li （通讯作者）, Xiuguang Mao; Chromosome-level genome assembly of the Stoliczka’s Asian trident bat (Aselliscus stoliczkanus); Scientific Data, 2023.
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Feng Zhang, Huiyuan Jiao, Yihao Wang, Chen Yang, Linying Li, Zhiming Wang , Ran Tong, Junmei Zhou, Jianfeng Shen , Lingjie Li （通讯作者）; InferLoop: leveraging single-cell chromatin accessibility for the signal of chromatin loop; Briefings in bioinformatics, 2023.
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Qing Ma, Liuyi Yang, Karen Tolentino, Guiping Wang, Yang Zhao, Ulrike M Litzenburger, Quanming Shi, Lin Zhu, Chen Yang, Huiyuan Jiao, Feng Zhang, Rui Li, Miao-Chih Tsai, Jun-An Chen, Ian Lai, Hong Zeng, Lingjie Li （通讯作者）, Howard Y Chang; Inducible lncRNA transgenic mice reveal continual role of HOTAIR in promoting breast cancer metastasis; Elife, 2022.
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Feng Zhang, Chen Yang, Yihao Wang, Huiyuan Jiao, Zhiming Wang, Jianfeng Shen, Lingjie Li （通讯作者）; FitDevo: accurate inference of single-cell developmental potential using sample-specific gene weight; Briefings in Bioinformatics, 2022.
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Lingjie Li, Yong Wang, Jessica L Torkelson, Gautam Shankar, Jillian M Pattison, Hanson H Zhen, Fengqin Fang, Zhana Duren, Jingxue Xin, Sadhana Gaddam, Sandra P Melo, Samantha N Piekos, Jiang Li, Eric J Liaw, Lang Chen, Rui Li, Marius Wernig, Wing H Wong, Howard Y Chang, Anthony E Oro; TFAP2C-and p63-dependent networks sequentially rearrange chromatin landscapes to drive human epidermal lineage commitment; Cell Stem Cell, 2019.
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Lingjie Li, Jill A Helms, Howard Y Chang; Comment on “ Hotair Is Dispensable for Mouse Development”; PLoS Genet., 2016.
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Lingjie Li, Howard Y Chang; Physiological roles of long noncoding RNAs: insight from knockout mice; Trends in Cell Biology, 2014.
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Lingjie Li, Bo Liu, Orly L Wapinski, Miao-Chih Tsai, Kun Qu, Jiajing Zhang, Jeff C Carlson, Meihong Lin, Fengqin Fang, Rajnish A Gupta, Jill A Helms, Howard Y Chang; Targeted disruption of Hotair leads to homeotic transformation and gene derepression; Cell Reports, 2013.
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Lingjie Li, Lei Sun, Furong Gao, Jing Jiang, Ying Yang, Chunliang Li, Junjie Gu, Zhe Wei, Acong Yang, Rui Lu, Yu Ma, Fan Tang, Sung Won Kwon, Yingming Zhao, Jinsong Li, Ying Jin; Stk40 links the pluripotency factor Oct4 to the Erk/MAPK pathway and controls extraembryonic endoderm differentiation; Proceedings of the National Academy of Sciences, 2010.